《崩坏3》的主线剧情讲述了在不远的未来，神秘的灾害“崩坏”侵蚀了世界，被崩坏感染的人类变成了没有思维、只懂破坏的“死士”，它们和从崩坏中诞生的巨大怪物“崩坏兽”一同对这个世界造成了巨大的威胁。唯一可以抵抗崩坏的，只有一些拥有“崩坏抗体”的少女，她们组成了“女武神”部队。这些勇敢的少女们穿上冰冷的机甲，拿起沉重的武器，与崩坏战斗，以守护世界上的所有美好。
游戏的故事延续了《崩坏学园2》的主线剧情。具体到主线剧情，游戏剧情开始于芽衣成为律者并被琪亚娜（K423）感化压制律者力量之后。御三家出任务并带回月光王座，之后出任务去抓风律温蒂，但被逆熵可可利亚捣乱并带走温蒂和芽衣。德丽莎带队去逆熵救援，在以布洛妮娅烧毁脑内生物芯片为代价的情况下救出众人。为治疗布洛妮娅，德丽莎去地下数据库找资料，琪亚娜（K423）尾随而至并触发奥托预留的陷阱，经历了巴比伦实验室时与西林的战斗。然后丽塔出现，在符华的帮助下丽塔成功带走琪亚娜（K423）。德丽莎与逆熵联合去救援被抓走的琪亚娜（K423）。琪亚娜（K423）被奥托融合空之律者核心，西林意识觉醒唤来贝纳勒斯救主，最终被符华使用太虚之握和月轮战甲暂时击退。
主线剧情中，玩家可以体验到多个关键事件，包括律者的诞生、女武神部队的组建和战斗、以及对抗崩坏的激烈战斗。游戏的主线内容共35章，每一章都推动了故事情节的发展，并引入了新的角色和事件。
建议玩家在完成主线剧情的同时，也可以探索游戏中的支线剧情和日常任务，以获得更多的游戏奖励和更深入的游戏体验。