《三千鸦杀》的结局存在多个版本，具体如下：
版本一
在最后一集中，玄珠以灵祭灯，最终消灭了妖神，但她和作为灵灯灯芯的傅九云相继在世间消失。一年之后，覃川再次来到灵灯的面前，并跟着灵灯一起消失了。
版本二
两人抱定牺牲的决心，拯救苍生于水火，危急关头覃川表姐替她开启灵灯，傅九云因此消失，思念傅九云的覃川再次触摸灵灯，他们牺牲小我的家国精神和伟大爱情感动了上苍，两人终于重逢。
版本三
覃川醒来后四下寻找九云，直至来到林间，方才想起九云已灰飞烟灭。眉山想要为覃川解除咒术，于是谎称九云早晚会聚灵化形重新回来。覃川在漫长的等待中逐渐恢复理智，点破了眉山的善意谎言。覃川身体无恙后独自回到天原国，偷偷查看灵灯，怀念九云。亭渊感应覃川出现，急忙尾随过去，然而覃川连同灵灯消失，消弭在空中。
版本四
在神灯被点燃后，傅九云消失，其实并没有完全的魂飞魄散，而覃川中毒后被眉山君救了回来，和傅九云在他曾住的院子里重逢，两人幸福相拥。
版本五
当时秦川和傅九云相遇相恋，还手牵手找到灵灯，还得到傅九云的真实身份为灵灯的灯芯，没有多久灵灯开启后，可他们选择不开启灵灯而在一起。
综上所述，《三千鸦杀》的结局存在多个版本，有两人最终重逢的版本，也有两人牺牲后消失的版本。具体结局可能因版本而异。