《终极笔记》的大结局中，主要情节包括以下几点：
错误的密码：
吴邪破解的第三道密码是错误的，导致小哥和霍老太太拿着错误的密码进入了张家古楼，随后与外界失去联系，下落不明。
救援行动：
吴邪因自责想要回巴乃救小哥，小花则拿着三叔的人皮面具，让吴邪假扮成三叔，一同前往巴乃进行救援。
黑瞎子的牺牲：
在四姑娘山墓中，黑瞎子为掩护小花和吴邪逃跑，与尸蟞缠斗，最后拉着黑毛怪同归于尽，其生死未卜。
吴邪的伪装：
吴邪在解雨臣的帮助下，戴上吴三省的人皮面具，决定以三叔的身份继续行动，肃清局势。
未解之谜：
剧中并未明确交代小哥、霍老太太以及黑瞎子的最终命运，仅解释了一部分关于“它”的含义。
综上所述，《终极笔记》的结局留下了许多未解之谜，主要角色的命运也未得到明确交代，给观众留下了悬念。