台湾问题的由来可以追溯到几个重要的历史时期和事件：
古代至清朝时期
台湾自古以来就是中国的一部分。自三国时期起，东吴大帝孙权在公元230年派将军卫温和诸葛直前往台湾，控制了这片地区，此后台湾一直属于中国。
唐朝和宋朝时期，中原战乱导致大量汉人南迁，不少汉人迁往台湾，并开发了台湾地区。元朝和明朝初期，设立了澎湖巡检司，加强对台湾地区的控制。
近代以来的侵略与光复
1895年，日本通过甲午战争强迫清朝政府签订《马关条约》，将台湾割让给日本。这一事件引发了中国的强烈反弹和反日情绪，成为后来爆发“五四运动”的重要导火索之一。
第二次世界大战期间，1941年12月，中国政府发布对日宣战布告，宣布要收回台湾、澎湖列岛等被日本非法侵占的领土。1943年12月，中美英三国政府发表《开罗宣言》，为台湾的回归奠定了坚实的国际法律基础。
1945年，日本战败投降，根据《开罗宣言》和《波茨坦公告》，台湾重新回到祖国的怀抱。
国共内战与台湾问题
1949年，中华人民共和国成立，成为代表全中国的唯一合法政府。国民党在战败后，退踞台湾，并在外部势力，尤其是美国的支持下，在台湾建立了地方割据政权，这种状态一直持续至今。
综上所述，台湾问题的由来是多方面因素共同作用的结果，包括历史上的领土变迁、近代以来的侵略与光复、国共内战以及外部势力的干涉等。台湾问题的实质是维护国家主权和领土完整的问题，也是中国的内政问题。