软件公司发票的抵扣流程如下：
确认软件符合税务规定要求
确保购买的软件产品符合税务法规，能够进行抵扣税操作。
获取增值税专用发票
在购买软件产品后，确保收到的发票是增值税专用发票，并妥善保管。
发票认证
登录电子税务局，进入发票认证模块，录入或上传增值税专用发票信息，完成认证。
账务处理
对于认证通过的进项增值税专用发票上的税额，进行以下账务处理：
借：主营业务成本（或其他相关科目）
贷：应交税费——应交增值税（进项税额）
贷：银行存款（或其他科目）
报表和税务申报
使用财务软件（如好会计）提供的财务报表和税务报表，了解软件发票的抵扣税情况，为企业的财务策略调整提供依据。
在税务申报时，将抵扣的发票金额按规定的方式列入申报表中，以减免税款。
注意事项
保持原始信息的完整性，不得删减。
确保发票的正确性和完整性，以及它是否具有明确的税收权限。
根据当地税法，了解抵扣政策和规定，只有符合特定条件的发票才能被用于抵税。
通过以上步骤，软件公司可以顺利完成发票的抵扣，降低税负，提高经济效益。