软件企业在计算成本时，通常会采用以下几种方法：
直接成本归集
对于各部门直接发生的成本费用，如领用的办公用品、员工工资等，进行直接归集。
共同承担费用分配
对于各部门共同承担的费用，如房租、水电管理费、电话费、清洁费等，按合计总工时分配到各部门。
项目工时统计
对于某项目的所花工时，按工作报告形式进行统计，并据此计算项目成本。
辅助部门成本分配
辅助部门发生成本费用的分配标准采取按某直接生产部门本月工时数占所有直接生产部门工时合计数的比例进行分配。
软件成本核算
软件企业的成本主要有五部分构成：硬件成本、软件成本、使用及维护成本、人才培训费用和准备费用。
研发支出核算
研发过程中发生的原材料、人工费、制造费用等，通过“研发支出”科目进行核算，费用化支出和资本化支出分别处理。
固定资产折旧
购进专用于研发的固定资产，通过固定资产科目核算，并按规定计提折旧。
成本核算软件
选择合适的成本核算软件，如用友畅捷通旗下的好会计或好生意，以提高成本核算的准确性和效率。
精细化管理
企业需要进行精细化管理成本，不断降低核算成本，提高经济效益，包括对成本进行细致的分析和评估，及时发现问题并采取相应措施。
成本估算方法
在进行软件成本估算时，常用的方法包括经验法、类推法、类比法和方程法，以根据不同的项目属性和历史数据进行成本预测。
通过以上方法，软件企业可以全面、准确地计算成本，从而为企业的经营决策提供有力的数据支持。