软件工程做账的方法可以分为以下几个步骤：
确定记账要素
收入：包括软件销售收入、软件服务收入等。
支出：包括人工成本、材料成本、设备折旧、间接费用等。
费用：如管理费用、研发费用、销售费用等。
资产：如银行存款、应收账款、固定资产等。
负债：如应付账款、预收账款、短期借款等。
登记凭证
根据实际发生的经济业务，录入相应的会计凭证，包括发票、收据、合同等。
确保凭证的科目、金额等信息准确无误。
确定记账类型
会计凭证类型包括借款凭证、付款凭证、收入凭证、支出凭证等。
收入确认
根据收入确认原则，将软件开发项目收入计入收入账。
采用“完成合同法”或“多元素合同”等方法确认收入。
成本核算
将研发过程中产生的直接成本和间接成本分别计入相关成本账。
采用“作业成本法”或“研发成本”等方法进行成本核算。
注意存货跌价准备的核算。
税务处理
根据税法规定，计算应纳税所得额。
按时缴纳相关税费，包括增值税、城建税、教育费附加等。
利用税收筹划方法降低企业所得税负担。
财务报表编制
利用会计软件或财务系统生成财务报表，如资产负债表、利润表和现金流量表。
定期进行财务审计，确保财务数据的准确性和完整性。
财务审计与管理
定期进行财务审计，确保财务数据的准确性和完整性。
管理应收账款和应付账款，合理规划税务。
制定合理的预算方案，并定期进行预算执行和成本控制分析。
其他会计事项处理
如固定资产折旧、无形资产摊销、计提福利费、教育经费、工会经费等。
利用财务软件
选择合适的会计软件，如具有项目管理、预算管理功能的软件，以提高工作效率。
利用财务软件的自动化功能进行凭证录入、报表生成等，简化财务流程。
通过以上步骤，结合软件的自动化功能与人为细致管理，可以实现工程账目财务的高效、准确处理。