软件著作权证书的办理流程如下：
账号注册与实名认证
访问中国版权保护中心网站并进行用户注册，注册成功后需进行实名认证，提供身份正反面照片和手持身份证照片。
填写申请表
登录中国版权保护中心，选择计算机软件著作权相关登记，填写申请表并打印。申请表内容包括软件基本信息、开发情况、权利范围等，并需签名或盖章。
准备申请材料
提供软件源代码，前后各连续30页共60页，每页不少于50行。
提供软件操作手册，图文结合，不低于15页，包含操作界面截图。
提供公司主体资格证明或个人身份信息，如营业执照副本或个人身份证复印件。
若软件非独立开发，需提供相关许可证明或权利继承、受让的证明。
提交申请文件
将填写好的申请表、源代码、操作手册等申请材料盖章或签字后，提交至中国版权保护中心。
受理与审查
版权保护中心初步审查通过后受理申请，并进行审查。审查通过后，发放补正通知或直接领取著作权登记证书。
领取证书
审查通过后，大约30到60日可以领取著作权登记证书。可以选择邮寄或亲自领取。
建议：
如果时间充裕且对流程熟悉，可以选择自己办理，这样成本较低。
若时间紧迫或对流程不熟悉，建议委托专业版权代理服务机构代为办理，虽然会收取一定费用，但更加省事且能更快拿到证书。