软件商标被侵权的认定主要依据《商标法》的相关规定，具体可以从以下几个方面进行判断：
判断是否属于同一种商品或者同一种服务、类似商品或者类似服务
同一种商品：涉嫌侵权人实际生产销售的商品名称与他人注册商标核定使用的商品名称相同的商品，或者二者商品名称不同但在功能、用途、主要原料、生产部门、消费对象、销售渠道等方面相同或者基本相同，相关公众一般认为是同种商品。
同一种服务：涉嫌侵权人实际提供的服务名称与他人注册商标核定使用的服务名称相同的服务，或者二者服务名称不同但在服务的目的、内容、方式、提供者、对象、场所等方面相同或者基本相同，相关公众一般认为是同种服务。
确认商标专用权的范围
权利范围：明确侵权的对象，需要有损害的后果发生，有侵权的行为存在，还需要行为人在主观方面存在过错，满足这些条件，可以向侵权者索要侵权赔偿。
确定被控侵权的具体对象
被控侵权的商标：需要明确被控侵权的商标是什么。
被控侵权的商品：需要明确被控侵权的商标所使用的商品是什么。
将被控侵权对象与注册商标和该注册商标所核定使用的商品进行比较
相同或近似：认定商标侵权行为需要满足一定的条件，认定商标侵权之后可以确定被侵权人实际损失的，侵权者需要按照实际损失支付赔偿。
商标的使用
使用方式：将商标用于商品、商品包装、容器、服务场所以及交易文书上，或者将商标用于广告宣传、展览以及其他商业活动中，用以识别商品或者服务来源的行为。
主观意图：判断是否为商标的使用应当综合考虑使用人的主观意图、使用方式、宣传方式、行业惯例、消费者认知等因素。
侵权行为的具体表现
假冒或仿冒行为：未经商标注册人的许可，在同一种商品上使用与其注册商标相同的商标包括在商品、商品包装、说明书或其他附着物上使用与注册商标相同的商标。
违法行为：行为人实施了销售假冒注册商标商品的行为，并且知道或者应当知道所销售的商品属假冒注册商标的商品。
损害后果
损失赔偿：商标侵权的认定标准是侵权行为人使用商标、销售带有商标的商品未经商标权人许可的或者是假冒商标的，造成损失的还应当赔偿损失。
综上所述，软件商标被侵权的认定需要综合考虑商标的使用情况、侵权行为的性质、损害后果以及行为人的主观过错等因素。通过以上步骤，可以较为准确地判断是否构成商标侵权，并据此采取相应的法律措施。