软件公司在计算税金时，主要涉及以下税种和计算方法：
增值税
一般纳税人：销售自行开发生产的软件产品，按13%的税率征收增值税，对实际税负超过3%的部分实行即征即退政策。
小规模纳税人：适用3%的税率，符合免税条件的小微企业可以免税。
即征即退税额的计算：
即征即退税额 = 当期软件产品增值税应纳税额 - 当期软件产品销售额 × 3%。
当期软件产品增值税应纳税额 = 当期软件产品销项税额 - 当期软件产品可抵扣进项税额。
当期软件产品销项税额 = 当期软件产品销售额 × 13%。
企业所得税
依据公司利润进行征收，具体税率因国家、地区及公司具体情况而异。符合国家政策鼓励的软件企业可能享受税收优惠政策，如减免税率、抵扣税额等。
其他税种
根据软件销售的具体情况，可能还需缴纳城建税、教育费附加等附加税。
具体计算流程：
确定销售额：
包括软件销售收入总额，需考虑是否包含硬件销售额。
确定适用税率：
根据软件类型、地区政策确定相应的税率。
计算销项税额：
销项税额 = 销售额 × 适用税率。
计算进项税额：
进项税额 = 购买软件产品时支付的增值税。
计算应纳税额：
应纳税额 = 销项税额 - 进项税额。
计算即征即退税额：
即征即退税额 = 应纳税额 - 销售额 × 3%。
申报与缴纳：
按照税务规定申报并缴纳相应的税金。
建议：
软件公司在计算税金时，应详细记录和核算进项税和销项税，确保合规纳税。
关注税收政策的变化，及时调整计算方法和策略。
合理利用税收优惠政策，降低企业税负。
以上信息仅供参考，具体计算还需结合企业实际情况和当地税务部门的规定。