软件开发办理退税的步骤如下：
确定退税资格
企业需要了解当地税务法律法规，确保其研发活动符合退税要求。例如，某些国家只有符合特定技术标准和创新要求的软件开发项目才有资格申请退税。
企业需要确保其财务记录和研发活动记录齐全，以备税务部门审核。
准备必要文件
在确定退税资格后，企业需要准备一系列必要文件，以支持其退税申请。这些文件通常包括财务记录、研发活动记录、项目技术报告等。
具体所需文件可能包括：
财务记录
研发活动记录
项目技术报告
软件产品登记证书或计算机软件著作权登记证书
软件检测机构出具的《软件评测报告》
增值税纳税申报表
销售发票
软件开发合同及相关技术文件
了解适用的税收优惠政策
不同地区和国家的政策可能有所不同，企业需要详细了解自身所在地区的相关政策。例如，美国的研发税收抵免计划（R&D Tax Credit）、英国的研发税收减免（R&D Tax Relief）等。
企业需要了解行业特定政策，例如软件开发行业可能会享受到一些专门的税收优惠政策。
填写和提交申请表格
根据不同国家和地区的税务规定，企业需要填写特定的申请表格，并附上相关的证明材料。
申请表格和证明材料需要详细记录企业的研发活动、财务情况、软件产品的合法性和知识产权等。
与税务部门沟通
在提交申请后，企业可能需要与税务部门进行沟通，回答他们的疑问并提供额外的信息。
企业应确保所有文件和信息的真实性和完整性，以便顺利通过税务部门的审核。
跟进审核
提交申请后，企业需要跟进审核进度，确保申请材料及时被处理。
审核通过后，税务部门将核定应退税款，并将超税负3%的部分退还至企业账户。
发票开具的注意事项
开具增值税发票时，销货单位、商品名称、型号、金额等信息需填写齐全。
发票中的软件名称必须与《软件产品登记证书》一致，版本号也需填写。
若同时销售自产软件与其他产品，需在同一张发票中列出，并注明软件名称。
退税申报表的填写
填写附表一：软件产品销售数据需填列在《本期销售情况明细》的“即征即退”栏次中。
填写主表：申报表主表会自动生成部分数据，但需手动填写销项税额、进项税额等项。注意“本年累计”数据需手动计算填写，避免与实际经营数据不符。
对无法划分的进项税额，需按实际成本或销售收入比例分摊到软件产品。
通过以上步骤，软件企业可以有效地进行退税操作，减轻税务负担。建议企业在办理退税时，详细记录和整理相关文件，并与税务顾问或专业律师保持沟通，以确保申请过程顺利。