软件开发退税的申请流程如下：
确定退税资格
企业需要了解并确保其软件开发活动符合当地税务法律法规的要求。这包括符合特定技术标准和创新要求，例如某些国家要求软件开发项目必须具有一定的创新性和技术难度。
企业需要确保其财务记录和研发活动记录齐全，以备税务部门审核。
准备必要文件
企业需要准备一系列必要文件，以支持其退税申请。这些文件通常包括财务记录、研发活动记录、项目技术报告、著作权登记证书、检测证明材料、纳税申报表、增值税完税凭证等。
填写和提交申请表格
根据不同国家和地区的税务规定，企业需要填写特定的申请表格，并附上相关的证明材料。例如，在电子税务局进行增值税的纳税申报和退税申请。
与税务部门沟通
在提交申请后，企业可能需要与税务部门进行沟通，回答他们的疑问并提供额外的信息。这有助于确保申请过程的顺利进行。
及时提交申请
企业需要在规定的时间内完成退税申请。例如，在年度所得税汇算清缴时，向税务部门申报退税，并提供必要的退税申请材料。
跟进审核
提交申请后，企业需要跟进审核进度，并在收到受理回执单后查询退税进度。这有助于确保申请能够及时获得批准。
建议
咨询专业人士：由于不同国家和地区的税务规定可能有所不同，建议咨询税务顾问或专业律师，以确保符合当地的具体要求。
详细记录和证明：企业需要详细记录所有与研发相关的费用，并确保这些记录的真实性和合理性，以便在税务审计时提供证据。
及时更新资料：企业需要及时更新其财务记录和研发活动记录，以确保在申请退税时提供的信息是最新的。
通过以上步骤和建议，软件开发企业可以更有效地申请退税，减轻税务负担。