分区合并后，软件的运行主要需要注意以下几点：
确认软件安装位置
如果软件是安装在合并后的某个分区中，需要确保合并操作不会影响到该分区的完整性。例如，将D盘和E盘合并后，如果某些软件是安装在E盘中的，合并后只有D盘，那么这些软件可能无法正常运行。因此，在合并硬盘之前，一定要慎重，并仔细检查确保不会影响到重要软件的安装位置。
使用分区管理工具
可以使用分区管理工具（如diskgenius、傲梅分区助手等）来进行分区合并操作。这些工具通常提供直观的界面和操作步骤，能够指导用户顺利完成分区合并。
检查系统引导程序
合并分区后，有时可能会导致启动程序无法加载引导程序。这种情况下，可以使用PE启动盘进入PE环境，并使用NTBOOTautofix.v软件自动修复引导程序。
数据备份
无论何种分区合并操作，都建议对重要数据进行备份，以防万一出现数据丢失的情况。虽然很多工具声称不会丢失数据，但备份总是最安全的做法。
执行合并操作
在分区管理工具中，选择要合并的分区，并按照工具的指示完成合并操作。通常需要选择相邻的分区进行合并，并确认合并操作。
重启电脑
合并分区后，有些工具会自动重启电脑，有些则需要手动重启。确保电脑能够正常启动，并检查合并后的分区是否正确。
通过以上步骤，可以确保分区合并后软件的正常运行。如果在操作过程中遇到问题，可以参考相关工具的文档或寻求技术支持。