公司可以通过以下方式限制软件的使用：
使用网络管理工具
企业可以部署专业的网络管理工具，通过策略配置限制员工在特定时间、访问特定网站或使用特定应用。例如，安企神软件、NetLimiter和域智盾软件都提供了这样的功能。
域智盾软件
域智盾软件是一款功能全面的终端安全管理和上网行为管理软件。它可以限制访问特定网站、分类网站或包含特定关键词的网页，有效过滤不良信息。同时，它还可以限制或阻止员工使用与工作无关的应用程序，如游戏、社交媒体等，并设置白名单或黑名单。
使用组策略编辑器
企业可以通过组策略编辑器（gpedit.msc）来限制用户安装软件。例如，禁止用户安装某些应用程序，或者限制特定应用程序的运行。
使用AppLocker
AppLocker是Windows操作系统中的一个功能，可以用来控制哪些应用程序可以或不能运行。通过创建规则，可以限制特定应用程序的安装和运行。
设置用户权限
通过设置用户帐户控制（UAC）的级别，限制用户对计算机的更改，从而防止其安装新软件或进行其他可能破坏网络安全的操作。
使用家长控制功能
操作系统通常提供家长控制功能，可以对特定用户设置限制，包括禁止安装软件或限制其上网活动。
使用专业管理软件
如安企神等专业的电脑监控和管理软件，它们提供了一键批量禁止软件安装的功能，并且具备实时监控、关键词过滤、网址过滤、应用程序控制等多种功能。
洞察眼MIT系统、安全神系统、洞眼查和Symantec Web Security Service
这些系统提供了全面的网络安全和上网行为监控功能，包括实时网页过滤、恶意软件保护、应用程序控制和带宽管理等。它们适用于需要高度监控和管理的环境，如金融、政府机构等。
通过上述方法，公司可以有效地限制员工使用软件，从而提高工作效率和保护企业网络安全。建议企业根据自身需求选择合适的工具和方法，并确保这些措施符合相关法律法规的要求。