在SAI软件中进行图层上色，可以遵循以下步骤：
打开线稿文档
打开SAI软件，并打开包含线稿的文档。
新建图层
在白色图层上方新建一个图层，并设置混合模式为正片叠底，同时勾选剪贴图层蒙版。使用马克笔在头发上方涂抹高光区域。
皮肤和光源细节
新建剪切图层，选择肤色，在皮肤上方涂抹光源细节。再新建一个剪切图层，使用天空笔刷和浅灰色，在头发上方合适的位置涂抹。
头发主光区域
新建剪切图层，使用马克笔和浅灰色，在头发主光区域涂抹，以增加光效。
绘制头发细节
选择各种正常图层，使用铅笔工具，颜色为白色，绘制头发的细节。
衣服明暗细节
在外套图层上方新建剪切图层，使用与头发光源细节相同的方法，调整合适的混合模式，根据光源投射规律，使用马克笔涂抹衣服的明暗细节。
色相饱和度调整
按下Ctrl+U打开色相饱和度，调整颜色以达到更理想的效果。
添加装饰元素
在白色裙子上方新建剪切图层，根据参考素材，使用画笔工具选择相对应的颜色，在衣服上方添加合适的装饰元素。最后，合并线稿图层，新建图层组，并开始上色。使用魔棒工具选取皮肤区域，新建图层，选取肤色，然后用铅笔平铺颜色。
通过以上步骤，可以在SAI软件中完成图层上色，使插画更加生动和富有层次感。建议在上色过程中，多次尝试不同的混合模式和颜色搭配，以达到最佳效果。