要彻底清除后缀为.exe的病毒，可以采取以下几种方法：
使用腾讯电脑管家
腾讯电脑管家采用“4+1”核“芯”杀毒引擎，具有强大的杀毒能力，可以帮助查杀电脑中的病毒。
使用U盘杀毒专家（USBKiller）
U盘杀毒专家基于superclean杀毒引擎，能够清除1200多种顽固性病毒，包括auto.exe文件夹中的病毒。
使用360安全卫士和360杀毒
这两款软件可以查杀exe病毒，但建议只保留360杀毒，并确保系统安全后再删除360安全卫士。
使用外部环境进行杀毒
可以通过启动PE或使用杀毒软件的安装盘进入相应系统后，对硬盘进行彻底清理。
手工清除病毒
结束病毒进程，删除病毒文件，并备份重要数据。
建议
选择可靠的杀毒软件：建议使用腾讯电脑管家、U盘杀毒专家或360杀毒等权威杀毒软件。
定期更新软件：确保杀毒软件保持最新版本，以便识别和清除最新的病毒。
备份重要数据：在进行病毒清除前，务必备份重要文件和数据，以防数据丢失。
通过以上方法，可以有效地清除.exe病毒，确保电脑系统的安全。