软件预算评审的收费方式可以总结如下：
基本费用
通常按照送审总预算的一定百分比来计算，这个百分比一般在0.1%到0.3%之间。
计费基数应扣除暂列金、暂估价金额等其他项目费用后计算。
审核增（减）费用
根据送审金额与审定金额之间的差额来计算，具体是按照差额的绝对值的百分比来计取，这个百分比通常在3%到9%之间。
如果差额超过一定金额（如50万元），则可能按照一个固定的金额（如49万元）来包干计费。
特殊情况
对于工程造价审计，基本审计费通常是按照单项工程总投资额的一定百分比来计取，不论是否有审减（增）额。
审减（增）额审计费则是按照审减（增）额减去允许的差额后的余额来计取。
付费原则
所需经费按照“谁委托谁付费”的原则，由组织评审的财政部门承担。
评审机构和专家不得向被评审单位收取任何费用。
建议
明确费用组成：在签订预算评审合同时，应明确费用的基本组成，包括基本费用和追加费用的计算方式和比例。
考虑特殊情况：对于特定类型的项目（如设计概算审核、全过程跟踪审核或竣工结算审核），可能需要根据具体情况调整费率和计算方法。
协商确定：具体费用可以根据待评估项目的规模、性质、复杂程度、需求清晰程度等指标，与审计部门进行协商确定。
这些信息可以帮助你更好地理解和制定软件预算评审的收费策略。