软件企业发放奖金的方式通常包括以下几个方面：
基础奖金
基础奖金是项目完成后所有参与员工的固定金额奖励，其标准依据项目规模及复杂程度而定。
小型项目的基础奖金为2000元；中型项目为5000元；大型项目为10000元。
绩效奖金
绩效奖金根据个人及团队的绩效评估结果分为四个等级：优秀、良好、合格、不合格。
奖金为基础奖金的百分比，具体为：优秀（150%）、良好（100%）、合格（50%）、不合格（0%）。
特别贡献奖励
对于在项目中表现突出、做出特别贡献的员工，项目经理可提出额外奖励建议，金额由公司高层审批。
项目奖金
项目奖金通常在项目完成并通过验收后发放，发放额度根据项目具体情况由程序部经理、技术部经理、总经理协商确定，一般不得超过项目总金额的10%，不低于5%。
奖金发放时限通常为项目结项后的三年时间，超过此时限研发人员不再获得此项目产品的奖金。
品质奖金
品质奖金根据项目是否达到预定的质量目标来决定，若未达到预定目标，则按比例减少奖金发放额度。
维护奖金
维护奖金通常在项目上线运行后，根据项目的维护情况发放给运维部门的参与人员。
特殊奖励
特殊奖励是对项目中做出特别贡献或表现卓越的员工给予的额外奖励，金额可高达奖金总金额的10%。
建议
制定明确的奖金发放标准：确保所有员工都清楚了解奖金的发放条件和标准，以便激励他们更积极地参与项目。
公平、透明的评估机制：建立公正、透明的绩效评估体系，确保奖金发放的公平性和合理性。
及时发放奖金：确保奖金在项目结束后尽快发放，以增强员工的归属感和满意度。
定期调整奖金政策：根据市场变化和企业经营情况，定期评估和调整奖金政策，以保持其激励效果。