办理软件免税备案的步骤如下：
申请软件企业认定和备案登记
企业需先申请软件企业认定，准备相关材料如企业营业执照、公司章程、软件产品登记证书、知识产权证明、研发费用明细、年度财务报表、企业员工花名册等。
认定通过后，企业需进行备案登记，提交软件企业认定证书、企业营业执照、税务登记证、软件产品登记证书、企业年度财务报表等材料。
递交免税申请
企业在完成备案登记后，根据年度财务报表和实际经营情况，向税务机关递交免税申请。通常应在每年的第一季度内递交上一年度的免税申请。
申请时需提交免税申请表、企业年度财务报表、税务机关要求的其他证明材料等。
税务机关审核
税务机关将对提交的材料进行审核，审核过程包括材料初审、现场考察、专家评审等环节。
审核通过后，企业将获得免税资格，可以按相关规定享受税收优惠。
税收减免备案
纳税人应在首次享受减免税的申报阶段或申报征期后的规定期限内，通过电子税务局等平台办理备案。例如在海南、北京、厦门等地，都可按相应电子税务局流程操作。
所需资料包括《税务资格备案表》2份以及《软件产品登记证书》或《计算机软件著作权登记证书》等。
申报和退税流程
企业准备税务资格备案表、《计算机软件著作权登记证书》、《软件产品检测报告》等资料到税务窗口办理资格备案。
次月申报期内申报增值税后，企业需向税政科预约递交《软件产品超税负退税审核表》、《软件产品超税负计算表》、《自查情况表》等资料，并按照规定填写、盖章签字齐全。
其他注意事项
纳税人享受备案类减免税的，对符合政策规定条件的材料需留存备查。
纳税人兼营免税、减税项目的，应当分别核算免税、减税项目。
建议企业在办理软件免税备案时，提前准备好所有相关材料，并严格按照税务机关的要求进行申请和审核，以确保顺利通过审核并享受税收优惠。