软件研发签证的计价方式主要根据以下几个方面来确定：
签证类型：
不同类型的签证（如旅游签证、工作签证、学生签证等）可能有不同的费用标准。
签证有效期：
签证的有效期长短也可能影响费用，通常有效期越长，费用越高。
服务等级：
根据签证服务的等级（如普通服务、加急服务、贵宾服务等），费用会有所不同，服务等级越高，费用通常也越高。
项目需求：
对于定制化的软件研发签证，费用会根据项目的具体需求、功能模块的复杂程度、用户规模以及技术支持等因素来确定。基础版系统价格较为亲民，而专业版或商业版系统则提供更为全面的功能，价格相对较高。
二次开发：
如果在原有软件基础上进行二次开发，费用会根据功能模块的复杂程度、开发难度及工作量进行定价。有些软件可能会提供免费或低费用的基础服务，而对于需要增加的新功能模块，则会根据模块的复杂程度进行定价。
其他费用：
需要注意的是，签证费用通常只包括签证服务费，不包括其他费用如机票、旅游保险等。
计价模式：
签证的计价方式应尽量围绕计价依据（如定额）的计算规则办理，并且签证中要注明列入税前造价或税后造价。
综上所述，软件研发签证的计价方式较为灵活，主要根据签证类型、有效期、服务等级以及项目需求等因素来确定。建议在签订签证协议前，与客户充分沟通，明确各项费用明细，以避免后期产生误解。