软件企业可以通过以下方式降低企业税收：
合理利用地方层面的税收优惠政策
在税收优惠园区设立新公司分流业务，享受地方财政的税收奖励扶持。例如，增值税可奖励给企业留存部分的70-90%，企业所得税可奖励给企业留存部分的70-90%。
在园区设立个体户或个独企业，合理分包部分业务，享受核定征收。核定个税为0.5-1%，综合税率低至2.5%。
企业与个人发生业务，可在园区税局申请代开发票，综合税率不超过3%。
优化内部的成本结构
尽量减少无效成本的支出，提高效益。
合理规划成本费用，确保成本费用的真实性和合理性。例如，合理提高员工福利待遇，增加企业的成本费用，降低企业所得税税负。
对于研发费用，企业应单独核算，确保研发费用的准确归集和分配，并考虑将部分研发活动外包给专业的研发机构，以降低研发成本。
充分利用国家对于软件技术企业的税收优惠政策
高新技术企业或重点软件企业减征按15%税率缴企业所得税。
软件企业认定后，自获利年度起，第一年和第二年免征企业所得税，第三年至第五年减半征收企业所得税。
研发费用加计扣除，企业应规范研发费用的核算和管理，确保研发费用的真实性、准确性和完整性。
优化企业架构与业务模式
设立子公司或分公司，将部分业务分包过去，享受相应税收优惠。
通过地方性税收优惠政策，解决企业增值税和所得税的税负问题。
合理利用税收优惠政策
企业通过认证双软资质，可以得到三免三减半的优惠政策。
企业的研发费用，单独核算，通过加计扣除可以得到175%的扣除。
申请高新科技企业，享受15%的企业所得税优惠税率。
增加研发投入
加大研发费用投入，提升企业技术竞争力，同时研发费用在计算应纳税所得额时可加计扣除，减少应纳税所得额。
合理控制成本费用
加强内部管理，确保所有成本费用都有合法票据凭证。
准确记录核算人力成本、软件采购成本、办公场地租赁等可列支成本，对于一些跨期费用，要按规定分摊。
通过以上方式，软件企业可以有效降低企业税收，提高企业经济效益。建议企业结合自身的实际情况，选择合适的税收优惠政策，并进行合理的税务筹划。