代理记账软件的收费模式通常有以下几种：
按年付费：
用户根据使用期限选择支付一年的服务费用。这种方式适合预算较为稳定且使用期较长的企业。
按服务规模计费：
根据企业的员工数量或者业务量来决定费用。这种方式适用于规模较大、员工数量较多的企业，可以根据实际情况灵活调整费用。
按功能模块收费：
用户可以根据自身需求选择所需的功能模块进行付费。基础版可能只包含日常记账和报表生成等功能，而高级版则增加税务筹划、成本分析等更复杂的服务。这种模式的好处在于灵活性高，企业可以根据自身实际情况选择最合适的方案。
按用户数量收费：
有些代理记账软件会根据使用该软件的用户数量来决定收费标准。这种方式适用于有多名员工需要访问同一账户的情况，费用随用户数量增加而增加。
按交易笔数或业务量收费：
主要针对业务频繁变动的企业，按照每月或每年处理的交易笔数来计费。这种方式适用于业务量较大的企业，可以有效控制费用。
一次性购买软件：
企业一次性缴纳全部费用即可拥有软件永久使用权。这种方式适合使用时间较长的企业，或是一些更新版本不必要的情况下。
SaaS模式下的收费方式：
企业无需购买软件，只需向代理记账软件厂商支付一定的费用即可使用。这种方式的优点在于企业不必花费大笔资金购买软件，只需支付少许的使用费用即可使用最新版本的软件，但企业必须时刻保持联网。
综合来看，代理记账软件的收费模式多样，企业可以根据自身的规模、业务需求和预算选择最合适的收费方式。建议在签订合同时，详细询问并了解清楚各项费用及附加服务，以确保使用过程中不会产生不必要的误解。