出口软件合同的备案流程如下：
在线登记
软件出口企业应在“软件出口合同登记管理中心”对软件出口合同进行在线登记，并按属地原则，持生效的软件出口合同正本到当地外经贸厅（委、局）领取《软件出口合同登记证书》。
提交材料并审核
企业向省商务厅提交相关材料，并领取登记证书。审核通过后三个工作日内办结。合格的不合格，一个工作日内告知企业进行修改补充。合格的不合格，一个工作日内告知企业进行修改补充。
准备备案材料
出口方应准备《申报书》、《原产地证明书》并加盖公章，以及出口软件的发货单（或发票）、出口合同和进口商的营业执照原件及复印件等备案材料。
填写申报书
出口方按照《出口软件出口退税申报书》的要求填写申报书。
递交备案材料
把备案材料递交至企业中心。
审核与备案
企业中心审核备案材料，如果备案材料无误，正式备案出口软件出口退税，并出具《出口软件出口退税备案表》。
领取备案表
备案完成后，出口方可以根据《出口软件出口退税备案表》，通过税务部门，领取税款退还。
建议企业在进行出口软件合同备案时，提前准备好所有必要的材料，并确保所有信息的准确性和完整性，以加快备案流程。