软件专利侵权的赔偿方式主要依据《中华人民共和国专利法》和《中华人民共和国著作权法》等相关法律法规。具体赔偿方式如下：
实际损失赔偿
赔偿数额通常根据权利人因被侵权所受到的实际损失来确定。这包括因侵权行为导致的权利人销售量减少的总数乘以每件专利产品的合理利润所得之积。
侵权所得赔偿
如果权利人的实际损失难以计算，赔偿数额可以按照侵权人因侵权所获得的利益来确定。这通常是根据侵权产品在市场上销售的总数乘以每件侵权产品的合理利润所得之积计算。
专利许可使用费倍数
当权利人的损失或侵权人的获利难以确定时，可以参照该专利许可使用费的倍数来合理确定赔偿数额。通常参照专利许可使用费的1至3倍。
合理开支
赔偿数额还应包括权利人为制止侵权行为所支付的合理开支，如调查取证费、律师费、公证费等。
精神损害赔偿
如果侵权行为对专利权人造成严重精神损害，被侵权人可以请求精神损害赔偿。
行政查处与司法途径
专利权人可以向专利局举报，由行政部门进行调查和处理。如果情况属实，行政部门可以调解，促使双方达成和解。此外，专利权人还可以向法院提起民事诉讼，要求停止侵权并赔偿损失。
建议
在处理软件专利侵权赔偿问题时，建议专利权人积极收集证据，包括销售数据、利润情况、侵权产品的销售和使用情况、以及为制止侵权行为所支付的费用等。同时，寻求专业律师的帮助，以确保赔偿金额的合理性和合法性。