软件税的退税流程如下：
取得相关证书和资料
取得《软件产品登记证书》。
准备《税务认定审批确认表》和登记证书复印件。
申请税务资格登记
携带上述资料至办税服务厅申请税务资格登记。
完成资格认定后即可正式办理退税。
发票开具注意事项
开具增值税发票时，销货单位、商品名称、型号、金额等信息需填写齐全。
发票中的软件名称必须与《软件产品登记证书》一致，版本号也需填写。
若同时销售自产软件与其他产品，需在同一张发票中列出，并注明软件名称。
销售与开票
企业销售软件产品时，按照适用税率（13%）开具发票，并申报缴纳增值税。
计算销售软件产品的实际增值税税负，若超过3%，可申请退还超出部分。
申请退税
通过电子税务局或其他指定渠道提交退税申请，填写相关表格，提供必要资料。
税务机关对申请进行审核，符合条件的，退还相应税款。
填写增值税申报表
填写《增值税纳税申报表附列资料二》（本期进项税额明细）。
填写《增值税纳税申报表附列资料一》（本期销售情况明细）。
填写增值税纳税申报表主表，并提交完成申报及税款缴纳。
线上申请与追踪进度
登录电子税务局，进入“退（抵）税管理”模块。
填写“退（抵）税申请审批表”，选择“先征后退”退税方式。
查询并勾选即征即退对应税票，录入申请退税金额。
提交申请并收到受理回执单后，可查询退税进度。
提交退税申请所需材料
《退（抵）税申请审批表》4份。
完税费（缴款）凭证复印件1份。
税务机关认可的其他记载应退税款内容的资料1份，其中包括《嵌入式软件产品增值税即征即退申请审核表》。
办理地点与流程
可通过办税服务厅（场所）、电子税务局办理，具体地点和网址可从省（自治区、直辖市和计划单列市）税务局网站“纳税服务”栏目查询。
受理后，税务部门将对申请材料进行审核，包括验证产品登记、核查税负情况等。审核通过后，税务部门将核定应退税款，并将超税负3%的部分退还至企业账户。
建议：
企业在申请退税前，应仔细核对所有资料和填写表格，确保信息准确无误。
及时关注电子税务局的退税进度，确保申请及时提交并处理。
若在审核过程中需要补充材料或进行现场核查，应积极配合税务机关的要求。