软件企业所得税的处理主要包括以下几个方面：
研发费用加计扣除
软件企业的研发费用可以享受100%的税前加计扣除政策。这意味着企业在计算应纳税所得额时，可以将研发费用的实际发生额翻倍计入，从而降低应纳税所得额。
两免三减半优惠政策
软件企业自获利年度起，前两年免征企业所得税，后三年按25%的法定税率减半征收。需要注意的是，如果企业同时是高新技术企业，则只能选择其中一种优惠政策，不能同时享受15%的税率减半征税。
职工培训费用扣除
软件企业的职工培训费用应单独核算，并按实际发生额在计算应纳税所得额时扣除。
即征即退增值税款的处理
软件企业获得的即征即退增值税款可以作为不征税收入处理，但需要满足专款专用的条件，并且对应支出不得税前扣除。如果将即征即退增值税款作为征税收入处理，则会增加企业所得税的应纳税所得额。然而，由于这些款项全部用于研发，企业可以在计算应纳税所得额时，将增值税退税款按发生额的100%加计扣除。
高新技术企业认定
软件企业可以通过申请高新技术企业认定，享受15%的企业所得税优惠税率。同时，研发费用还可以加计扣除。
纳税筹划
由于软件企业通常具有高毛利率和较大的利润空间，所得税是主要的税收支出之一。企业可以通过合理利用税收优惠政策、进行合理的纳税筹划来降低税负。
建议
充分利用研发费用加计扣除政策：企业应确保研发费用的准确核算和归集，以便充分利用这一优惠政策。
合理规划税收优惠：企业应根据自身情况，选择最适合的税收优惠政策，确保合规操作。
加强内部管理和财务核算：企业应加强内部管理和财务核算，确保各项费用和收入的准确核算，避免因管理不善导致税务风险。
通过以上措施，软件企业可以有效降低企业所得税负担，提升企业竞争力。