计算机软件侵权的公证可以通过以下方式进行：
购买盗版软件的公证
由权利人与公证机关工作人员一起作为购买者购买盗版软件，并对所购软件进行封存以及对整个购买过程进行公证。这种方式在民事侵权诉讼中，如果没有相反的证据，一般都能够得到确认。
行政执法手段
在公证机关工作人员无法进入的侵权地，无法通过公证取证的方式进行证据收集时，可以通过版权局对侵权地进行查处。对于行政执法机构已经认定的侵权行为，在没有相反证据的情况下，法院都予以直接认定。
公证机关对证据及收集过程的公证
当事人自行收集的证据有时受到客观时间、地点、条件的限制，很难全面地反映事物的全部信息。此时，由公证机关对证据及收集过程等予以公证，以证明被收集的证据之客观性就显得十分必要。
提供相关证据材料
当事人可以通过提供底稿、原件、合法出版物、著作权登记证书、认证机构出具的证明、取得权利的合同等相关材料来证明侵权行为的存在。这些材料可以作为侵权纠纷的证据，帮助受害人维护自己的权益。
购买侵权复制品的公证
当事人自行或者委托他人以定购、现场交易等方式购买侵权复制品而取得的实物、发票等，可以作为证据。公证人员在未向涉嫌侵权的一方当事人表明身份的情况下，如实对另一方当事人按照上述规定的方式取得的证据和取证过程出具的公证书，应当作为证据使用，但有相反证据的除外。
网络侵权证据的收集
通过网络追踪技术确定侵权软件的来源、传播路径及使用范围等，可借助专业的网络监测工具。在取证过程中要注意遵循法律程序，确保证据的合法性和有效性。
在进行计算机软件侵权的公证时，建议聘请专家或专业计算机软件侵权律师参与取证，以增加证据的证明力，并确保证据的合法性和有效性。