模拟分子粒径的软件和方法如下：
LAMMPS
概述：LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular/Quantum Mechanical Simulator）是一款用于模拟液体、固体和气体中粒子系统的软件包。它支持全原子、聚合物、生物、金属、粒状和粗粒化体系的模拟，并且适用于从小至几个粒子到上亿个粒子的体系。
功能：LAMMPS采用相邻清单和空间分解技术来提高计算效率，并支持并行计算。用户可以修改和扩展LAMMPS，添加新的力场、原子模型、边界条件和诊断功能。
NAMD
概述：NAMD（NAnoscale Molecular Dynamics）是一款用于大规模并行计算机上的快速分子动力学模拟软件。它使用经验力场（如Amber、CHARMM和Dreiding）来计算原子轨迹。
功能：NAMD适用于模拟微观到介观尺度的分子体系，支持几千个CPU运算，并且在单机上速度也很快。它常用于模拟蛋白质、核酸、细胞膜等体系，也适用于团簇和CNT系统的模拟。
VMD
概述：VMD（Visual Molecular Dynamics）是一款用于分子模拟的可视化软件，它结合了NAMD或其他分子动力学软件的计算结果，并提供强大的可视化功能。
AtomEye
概述：AtomEye是一款用于分子和生物大分子的三维结构可视化和分析工具。
Pymol
概述：Pymol是一款用于分子和生物大分子的可视化软件，支持多种分子模拟软件的输出格式，并提供丰富的可视化选项。
Raster3d
概述：Raster3d是一款用于分子动力学模拟的三维粒子追踪和可视化软件。
RasMol
概述：RasMol是一款用于分子和生物大分子的三维结构显示和分析工具。
建议
选择合适的软件：根据模拟的需求（如体系规模、力场类型、计算资源等）选择合适的软件。对于大规模并行计算，NAMD和LAMMPS是很好的选择；对于分子可视化，VMD、AtomEye、Pymol和RasMol更为常用。
学习资源：在开始模拟之前，建议阅读相关软件的用户手册和教程，以熟悉软件的操作和功能。
验证模拟结果：使用不同的软件或方法验证模拟结果的准确性，以确保模拟的可信度。