ds软件计算结合能的方法如下：
计算公式
结合自由能（EnergyBinding）= 复合物能量（EnergyComplex） - 配体能量（EnergyLigand） - 受体能量（EnergyReceptor）。
输出结果
结合自由能（Binding Energy）
配体能量（Ligand Energy）
蛋白能量（Protein Energy）
复合物能量（Complex Energy）
熵（Entropic Energy）。
建议在实际应用中，确保输入数据的准确性和完整性，以便获得可靠的计算结果。