在《口袋妖怪 漆黑的魅影》中，三周目的玩法如下：
开始游戏
从主角家中出发，与博士对话并领取宝可梦图鉴和初始宝可梦。
前往鹿子镇
前往鹿子镇左下的贝尔家，触发剧情并挑战贝尔。
获得宝可梦
在博士研究所门前获得实况接收器（手机），然后去左上角红色房子，进入研究所获得宝可梦图鉴。
捕捉宝可梦
在1号路上，博士会示范如何捕捉宝可梦，并赠送5个精灵球。建议先捕捉一只家门狗（小约克）备用。
挑战道馆
前往唐草镇，挑战三曜道馆，馆主使用克制窗帘的地上图标（水、草、火）进行战斗。
获得徽章和道具
战胜馆主后，获得三角徽章和TM83-自我激励。
继续旅程
离开三曜市，继续前往其他城镇，挑战道馆和收集宝可梦。
剧情发展
在旅途中，会遇到各种剧情事件和NPC，完成任务和获得奖励。
最终挑战
在游戏后期，挑战合众地区的最终道馆，完成三周目。
建议：
在挑战道馆时，确保携带足够的精灵球和恢复道具。
根据道馆馆主的属性选择合适的宝可梦进行挑战。
在旅途中多收集有用的道具和宝可梦，以便在后续挑战中更加轻松。