公务护照和公务普通护照的区别主要体现在以下几个方面：
颁发对象不同
公务护照主要颁发给各级政府部门副处级以上官员、派驻国外的外交代表机关、领事机关和驻联合国组织系统及其专门机构的工作人员及其随行配偶、未成年子女等。
公务普通护照则发给国家派出的研究生、留学生、访问学者和工程技术人员等。
护照样式不同
公务护照的封皮是黑色底或者绿色底、金字，正中是中华人民共和国国徽，国徽上方印有“中华人民共和国”，下方印有“公务护照”。
公务普通护照的封皮也是黑色底或者绿色底、金字，正中是中华人民共和国国徽，国徽上方印有“中华人民共和国”，下方印有“公务普通护照”。
颁发单位不同
公务护照由中华人民共和国外交部负责签发。
公务普通护照由中华人民共和国外交部或地方外办签发。
使用用途不同
公务护照的使用用途是国家和政府的一般官员、外交代表机关和领事机关的行政技术人员等人从事公务活动使用。
公务普通护照适用于除官方活动（包括外交活动和政务活动）以外的一切公务活动人员使用。
申办程序不同
公务护照的申办程序涉及外办意见征求、出国任务通知书办理等多个步骤。
普通护照的申办程序相对简单。
法律依据和有效期限
公务护照和普通护照在颁发对象、颁发机关等方面有明确的区分，因公护照的颁发和管理需遵循更为严格的规定和程序。
公务护照和公务普通护照分为一次有效和屡次有效两类，屡次有效护照的有效期为5年，一次有效护照的有效期为两年。
综上所述，公务护照和公务普通护照的主要区别在于颁发对象、护照样式、颁发单位、使用用途和申办程序。公务护照主要面向政府高级官员及外交代表，由外交部签发；而公务普通护照则适用于留学生等，可由外交部或地方外办签发。