虚开增值税专用发票罪的立案标准主要包括以下几点：
虚开数额标准
虚开的税款数额在1万元以上的，或者给国家造成的税收损失在5千元以上的，应予立案追诉。
情节严重标准
虚开的税款数额在10万元以上的，或者造成国家税款损失数额在5万元以上的，应追究刑事责任。
情节特别严重标准
虚开的税款数额在50万元以上的，或者造成国家税款损失数额在30万元以上的，应追究刑事责任。
其他严重情节
在提起公诉前，无法追回的税款数额达到30万元以上的。
五年内因虚开发票受过刑事处罚或者二次以上行政处罚，又虚开30万元以上的。
单位犯罪责任
单位犯虚开增值税专用发票罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，处三年以下有期徒刑或者拘役；虚开的税款数额较大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑；虚开的税款数额巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑。
综上所述，虚开增值税专用发票罪的立案标准主要依据虚开的税款数额及其造成的税收损失来确定。具体立案标准包括虚开数额在1万元以上、10万元以上、50万元以上等不同档次，并伴有其他严重情节的考量。对于单位犯罪的情况，还需对单位及直接责任人员分别定罪量刑。