加里宁格勒不独立的原因主要有以下几点：
民族控制：
虽然加里宁格勒的前身是德国城市，但第二次世界大战结束后，这里被划分为苏俄，很多德意志人搬出了这里，后来又有许多俄罗斯人、乌克兰人和白俄罗斯人加入。苏联解体后，虽然很多加盟共和国都独立了，但加里宁格勒的俄罗斯人较多，占有很大的话语权，因此他们也不想脱离俄罗斯。
军事控制：
苏联对加里宁格勒非常重视，很多重要的军事设备都建在这里，加里宁格勒也是波罗的海舰队的基地，苏联对这里有很大的控制力。
战略位置：
加里宁格勒临近波罗的海，港口不易冰冻，战略意义非凡。苏联时期，这里是军事防御的重要地区，即使苏联解体后，加里宁格勒仍是俄罗斯军事防御最高的地区之一。
苏联解体时的局势：
苏联解体时，俄罗斯是最脆弱的时候，国内民族主义分离势力蔓延，但加里宁格勒作为飞地，俄罗斯采取行动不太方便。此外，德国在苏联解体时自身麻烦也不小，无暇顾及加里宁格勒。
历史和文化因素：
加里宁格勒曾是东普鲁士的一部分，当地居民以德国人为主，但苏联占领后，德国人被迫迁移，大量俄罗斯人迁入，对这里的一切进行了苏联式改造，使得德国文化残留不复存在。
综上所述，加里宁格勒不独立的原因是多方面的，包括民族控制、军事控制、战略位置、苏联解体时的局势以及历史和文化因素等。