土地增值税的计算方法如下：
确定增值额
增值额 = 转让房地产取得的收入 - 扣除项目金额。
扣除项目
扣除项目通常包括取得土地使用权所支付的金额、开发土地的成本费用、新建房及配套设施的成本费用、与转让房地产有关的税金及财政部规定的其他扣除项目。
计算增值率
增值率 = 增值额 / 扣除项目金额 × 100%。
确定适用税率和速算扣除系数
根据增值率，采用四级超率累进税率：
增值额未超过扣除项目金额50%的部分，税率为30%，速算扣除系数为0。
增值额超过扣除项目金额50%、未超过100%的部分，税率为40%，速算扣除系数为5%。
增值额超过扣除项目金额100%、未超过200%的部分，税率为50%，速算扣除系数为15%。
增值额超过扣除项目金额200%的部分，税率为60%，速算扣除系数为35%。
计算应纳税额
应纳土地增值税 = 增值额 × 适用税率 - 扣除项目金额 × 速算扣除系数。
示例计算
假设某房地产开发公司出售一幢已竣工验收的写字楼，应税收入总额为10000万元，扣除项目金额包括土地购置成本、开发建设费用、拆迁补偿等共计6000万元。
计算增值额
增值额 = 10000万元 - 6000万元 = 4000万元。
计算增值率
增值率 = 4000万元 / 6000万元 × 100% = 66.67%。
确定适用税率和速算扣除系数
增值率66.67%超过50%但未超过100%，适用税率为40%，速算扣除系数为5%。
计算应纳税额
应纳土地增值税 = 4000万元 × 40% - 6000万元 × 5% = 1600万元 - 300万元 = 1300万元。
因此，该房地产开发公司应纳土地增值税为1300万元。
建议
企业在计算土地增值税时，应确保准确核算各项收入和扣除项目，合理确定增值率，并选择适用的税率和速算扣除系数，以确保计算的准确性和合规性。同时，建议企业定期进行土地增值税的测算和审核，以应对可能的政策变化和税务风险。