工程竣工决算审计的收费标准主要包含基本收费和追加收费两部分，具体如下：
基本收费
基本收费一般定为建设单位送审总造价的0.1%至0.3%左右。
追加收费
追加收费一般定为中价机构审减金额的4%至9%左右。
其他收费
对于联合体项目，工程造价咨询企业和会计师事务所通常按7:3的比例分配服务费，但具体比例可根据项目复杂性和专业性协商确定。
跟踪项目除了上述标准外，还将依据跟踪时点的工作记录，按照劳务费标准额外收取跟踪审查费用，不足5000元的按5000元计费。
费用支付
审计服务费用由建设单位支付，并在工程投资中单独列支。
分档累进计费
基本收费实行分档累进计费方式，例如：
送审金额在0至1000万元之间，收费率为0.1%；
送审金额在1000万元至3000万元之间，收费率为0.08%；
送审金额在3000万元至5000万元之间，收费率为0.05%；
送审金额在5000万元以上，收费率为0.5%。
最低收费标准
若计算结果低于3000元，则按3000元收取。
这些标准可能会因地区和具体项目的不同而有所调整，建议在实际操作中参考当地的相关规定和审计机构的具体报价。