员工考勤制度通常属于质量管理体系中的 三级文件。根据提供的信息，副总要求完善的考勤/奖惩制度被命名为考勤/奖惩工作指引，并且整个文件形成后不是员工手册，而是三级文件。这表明考勤制度是作为公司内部管理的一部分，用于规范员工的行为和确保公司运作的有序性。
在质量管理体系中，文件通常分为四个等级：
1. 一级文件：通常是公司的质量方针、质量目标、组织结构和职责等高层次的指导性文件。
2. 二级文件：包括程序文件、流程图、作业指导书等，用于详细描述公司的各项管理和操作程序。
3. 三级文件：如工作指引、作业指导书、检查表等，提供具体的操作步骤和方法。
4. 四级文件：通常是记录表、报告、通知等，用于记录和传递信息。
因此，员工考勤制度作为具体的工作指引，被归类为三级文件，用于指导员工如何遵守考勤规定和奖惩机制，从而确保公司的人力资源管理符合质量管理体系的要求。