《查理九世》被下架的主要原因是 内容恐怖、血腥，不适合儿童阅读。该书因渲染恐怖气氛和包含恐怖、血腥的情节，被许多家长投诉和举报，认为其会对儿童产生不良影响。此外，有报道称，一名六年级学生在上吊自杀前，其遗体旁摆放着一本《查理九世之恶灵栖息的乌鸦城》，这一事件进一步加剧了公众对该书内容的担忧，并导致其被禁。
尽管《查理九世》曾连续多年在童书畅销书榜首，并号称畅销5000万册，但其内容被认为过于恐怖和血腥，不适合儿童阅读。因此，国家新闻出版广电总局将其列为禁书，并要求出版社进行整改。最终，出版社对书籍内容进行了修改，删除了部分恐怖情节，并将书名改为《墨多多谜境冒险》，重新上架销售。
综上所述，《查理九世》因内容恐怖、血腥，不适合儿童阅读，最终被下架和禁售。