南京同仁堂和北京同仁堂的区别主要体现在以下几个方面：
创立时间
北京同仁堂：始创于1669年（清康熙八年），由乐显扬创办。
南京同仁堂：其前身是北平同仁堂京都乐家老铺南京分号，于1926年在南京开业。
主营业务
北京同仁堂：以中成药为主要产品，集现代制药业、零售商业、医疗服务板块于一体。
南京同仁堂：主营业务包括片剂、丸剂等，也生产和销售中成药和营养保健品。
历史发展
北京同仁堂：自1723年起成为清宫御药房的用药供应者，历经八代皇帝，长达188年。1957年，同仁堂中药提炼厂成立，开创中药西制的先河。2000年，成立了北京同仁堂科技发展股份有限公司，并在香港创业板上市。
南京同仁堂：1955年更名为公私合营南京同仁堂国药号股份有限公司，1957年定名为南京同仁堂制药厂。1998年，改制组建为南京同仁堂药业有限责任公司。
商标与品牌
北京同仁堂：商标为仿汉朝瓦当造型，圆形中间有“同仁堂”三个字样，两边是对称的飞龙图形。
南京同仁堂：商标显示为“岳家老铺”四个字，没有“同仁堂”字眼。
企业性质与股东
北京同仁堂：隶属于北京国资委，是由北京市国资委100%控股的国有企业。
南京同仁堂：由两家民营企业控股，是南京市的两家企业。
产品与名药
北京同仁堂：拥有十大名药，包括安宫牛黄丸、同仁乌鸡白凤丸、同仁大活络丸等。
南京同仁堂：也有一些名药与北京同仁堂重合，如牛黄清心丸、安宫牛黄丸、六味地黄丸等。
总结：
南京同仁堂和北京同仁堂虽然同本所源，一脉相传，但在创立时间、主营业务、历史发展、商标与品牌、企业性质与股东以及产品与名药等方面存在明显的区别。北京同仁堂作为同仁堂品牌的起源地，拥有更为丰富的历史积淀和文化内涵，而南京同仁堂在历史上是北京同仁堂的分支，逐渐形成了自己的特色和优势，注重现代科技和传统中医药的结合。