机密文件管理办法如下：
密级划分
绝密文件：包含公司最重要的机密，关系公司未来发展的前途命运，对公司根本利益有着决定性影响。
机密文件：包含公司的重要秘密，其泄露会使公司的安全和利益遭受严重损害。
秘密文件：包含公司一般性秘密，其泄露会使公司的安全和利益受到损害。
密级标识
密级确认后，文件应当按其密级在其醒目位置加盖或加印相应标识。专用印章由综合管理部指定专人负责保管。
绝密文件应当在其文件每一页的右上角加盖“绝密”专用印章。
机密文件应当在其文件每一页的右上角加印“机密”专用印章。
秘密文件应在其文件首页的右上角加印“秘密”专用印章。
文件打印
绝密、机密文件由综合管理部指定专人负责打印。
秘密文件由综合部指定人员打印好秘密文件后，应将磁盘文件定期删除，公司将对删除情况不定期检查，不得私自拷贝秘密文件。
文件分发
绝密、机密、秘密文件的分发应当有所记录。绝密、机密、秘密文件必须发至相关部门指定文件接收人签收。
绝密、机密文件、秘密文件严禁在内部办公网络上发布、公开和传送。
在对外合作中，如确需向合作方提供公司保密文件的，应当首先按其密级由公司总经理书面批准，并在提供前与之签订保密协议。
查阅、申请复制
查阅权限：查阅公司文件必须填写文件查阅申请表。绝密文件、机密文件需主办部门负责人、分管领导和公司总经理签字批准。秘密文件需主办部门负责人、分管领导签字批准。
复制权限：未经许可，任何人不得擅自复印涉密文件。原则上不允许复印绝密级文件，确有需要，必须经密级确定机关、单位或其上级机关批准，并严格履行登记手续。复印机密、秘密级文件，须履行签批等级程序。复印时不得改变其密级、保密期限和知悉范围，密件复印件视同原件管理。
文件传递
传递绝密文件，必须使用专用信封，在本地传递由专人传递。送外地的，通过机要交通、机要通信递送，或按要求专人传递。原则上不允许传真密级文件。
文件保管与销毁
涉密文件的拟制、印刷、传递、承办、借阅、保管、归档、移交和销毁，必须严格履行审批、清点、登记、签收等手续。
涉密文件由单位保密员统一管理，阅办涉密文件必须在办公室或者安全保密的场所进行，对密级文件必须实行专人保管，专册登记，专柜存放，个人不得私自保存涉密文件资料。
其他规定
不该说的机密，绝对不说；不该问的机密，绝对不问；不该看的机密，绝对不看；不该记录的机密，绝对不记录。
不在非保密本上记录机密；不在私人通信中涉及机密；不在公共场所和家属、子女、亲友面前谈论机密。
不在不利于保密的地方存放机密文件、资料；不在普通电话、明码电报、普通邮局传达机密事项。
这些规定旨在确保机密文件的安全性，防止信息泄露和不当使用。各公司或机构应根据实际情况，制定详细的实施细则，并确保所有相关人员严格遵守。