BIM工程师证书 由多个部门颁发，主要包括 住房和城乡建设部（住建部）、中国图学学会、国家人力资源和社会保障部以及工业和信息化部人才交流中心。具体颁发机构如下：
住房和城乡建设部（住建部）
住建部明确规定，BIM专业技能证书是在工程招投标中必须具备的证书，全国通用，是建筑信息模型（BIM）技术能力的证明，是从事建筑信息模型（BIM）工作的从业资格和就业凭证，是担任专业技术与管理职务的任职资格，是承接大型项目参与招投标的基础条件。
中国图学学会
中国图学学会是我国唯一颁发《全国BIM技能等级考试证书》的单位。全国BIM技能等级考试是由中国图学学会发起，联合国家人力资源和社会保障部教育培训中心共同开展的考评工作。BIM工程师证书考试大纲将BIM技能分为三级：一级为BIM建模师；二级为BIM高级建模师；三级为BIM应用设计师，三级开设三个专业：建筑设计专业、建筑设备设计专业、建筑施工设计专业。
国家人力资源和社会保障部
国家人力资源和社会保障部下属的邮电通信人才交流中心负责颁发BIM相关证书。因此，BIM工程师证书可能由中国图学学会或国家人力资源和社会保障部颁发，具体颁发机构建议查询相关官方渠道以获取最准确的信息。
工业和信息化部人才交流中心
工业和信息化部人才交流中心也颁发BIM工程师证书，并且该证书分为三个不同的级别：BIM工程师证书、BIM项目管理师证书和BIM高级工程师证书。其中，BIM高级工程师证书是这些级别中最高级别的证书。
综上所述，BIM工程师证书由多个部门颁发，包括住建部、中国图学学会、国家人力资源和社会保障部和工业和信息化部人才交流中心。具体颁发机构可能会有所不同，建议查询相关官方渠道以获取最准确的信息。