十三爷被幽禁的原因是多方面的，主要包括以下几点：
夺嫡之争：
十三爷胤祥是康熙帝的第十三子，在康熙晚年激烈的皇位争夺中，他坚定地支持四爷胤禛（后来的雍正帝）。十三爷为四爷做了许多事情，包括拉拢朝中的官员大臣和招兵买马等，这些行为被康熙帝视为威胁到自己的地位和权力，尤其是其他皇子可能利用十三爷来对抗他。
被陷害：
在太子胤礽被废的过程中，八爷胤禩陷害四爷胤禛，称四爷勾结朝中大臣并掌握了一切证据。十三爷为了保护四爷，主动承担了所有的罪责。虽然康熙帝知道十三爷并非真凶，但为了惩戒他，还是将他囚禁起来。
军中的影响力：
十三爷在军中有着巨大的影响力，他多年带兵，提拔了许多军官，尤其是京城的守卫部队。这种影响力让康熙帝感到不安，担心他会在皇位争夺中起到关键作用，甚至可能发动政变。
性格因素：
十三爷性格耿直，容易冲动，虽然康熙帝喜欢他这种真性情，但也深知这样的性格并不适合成为皇位继承人。康熙帝担心他会被某些别有用心的势力利用，从而危及自身安全。
保护四爷：
康熙帝圈禁十三爷的另一个重要原因是为了保护四爷胤禛。通过圈禁十三爷，可以让外界误以为四爷非继位人选，从而保护了四爷的安全。同时，这也为日后四爷继位后兄弟二人的关系做铺垫，因为十三爷代四爷受过，欠下这份恩情，日后必然死心塌地辅佐四爷。
综合以上几点，十三爷被幽禁的原因主要是他在皇位争夺中的支持行为、被陷害、军中的影响力、性格因素以及保护四爷的需要。尽管康熙帝对十三爷有喜爱之情，但为了维护皇权的稳定和自身的安全，最终还是选择了将他囚禁。