刘晓庆入狱的主要原因是 偷税漏税。具体来说，刘晓庆及其公司存在采取不列、少列收入，多列支出，虚假申报，通知申报而拒不申报等手段偷逃税款的行为。税务机关经过调查发现，刘晓庆及其公司从1996年开始，偷逃税金额高达1458.3万元，加上滞纳金总共约2000万元。因此，她在2002年7月24日被逮捕，并在北京市公安局看守所关押了422天。虽然最终检察院作出了不起诉决定，但刘晓庆依然需要承担法律责任。
尽管社会上曾有一些关于刘晓庆入狱原因的猜测和传言，例如她因得罪人遭报复或在某个聚会上得罪了人等，但这些都没有事实依据，属于网友的臆想猜测。国家税务总局所得税管理司副司长孙瑞标也曾表示，刘晓庆被查处是正常的税务检查结果，所有纳税人都是候补的被税务检查的对象，不存在特殊针对等情况。