刘彻杀卫子夫的主要原因是因为 巫蛊之祸。随着汉武帝刘彻晚年身体逐渐衰弱，他开始怀疑宫内有人对他施蛊术，诅咒他。为了调查此事，他派出了宫内的秘密警察头目江充。在这场变故中，卫子夫站在儿子刘据一边，但没有随他逃亡。汉武帝在事后清算时，废除了卫子夫的皇后身份，并派大臣来收她的玺绶。
此外，卫子夫家的外戚霍去病与卫青在朝中势力庞大，结党营私，支持戾太子刘据与刘彻对立。霍去病和卫青去世后，卫子夫和刘据失去了背后的支持力量，刘彻趁机利用巫蛊之祸将卫家彻底清除，甚至连卫子夫生的公主们以及公主生的儿子也没放过。
综上所述，刘彻杀卫子夫的主要原因是巫蛊之祸，以及卫子夫家族在朝中的势力影响到了他的皇权稳定。