“特此复函”和“特此函复”都是正确的表达，它们都用于公函的结尾，表示对来函的正式回复。两者的区别主要在于使用的场合和含义略有不同：
内容不同
特此函复：通常用于已经发送了一封信函后，再补发一封回复信函给对方。
特此函复：除了上述意思外，还包括在答复请示事项时使用。
运用场合不同
特此函复：比较宽松，适用于多种场合。
特此函复：用于答复请示事项时，具有更正式和严肃的语气。
结束语的使用
特此函复：常用于复函的结尾，表示对来函的正式回复。
特此函复：也可以用于其他需要正式回复的场合。
建议
在实际应用中，可以根据具体情况和需要选择合适的表达方式。如果是一般的回复，可以使用“特此函复”；如果是在答复请示或需要更正式回应的情况下，也可以使用“特此函复”。两者都是可以接受的表达方式，具体使用哪个更合适，取决于语境和需要传达的正式程度。