签注和通行证的区别主要体现在以下几个方面：
功能和用途
通行证：是一种出入境部门签发的旅行证件，主要用于长期、重复性的出入，如居民身份证、护照等。通行证的内容除了包含签注的信息外，还包含了更多的个人信息和管理措施。
签注：是附注在通行证上的许可形式，主要用于短期、一次性的旅行或工作需求，如旅游签证、工作签证等。签注的内容通常只包含入境和出境的时间限制。
有效期
通行证：的有效期一般为五年。
签注：的有效期有3个月1次、3个月2次、1年1次、1年2次四种。
办理条件
通行证：需要满足特定的身份资格和相关证明材料，如港澳居民出入中国内地的凭证。
签注：需要满足特殊的签证条件，如中国外交部门下发的凭证。
申请方式
通行证：可以通过网上申请或在中国驻港澳机构申请。
签注：需要前往中国驻外使馆申请，并且需要提供相关证明材料。
适用范围
通行证：适用于更为广泛的出行目的，包括工作出差、求学深造、旅游观光等各种情况。
签注：主要用于特定的出行目的，如探亲访友、商业活动、旅游度假等。
总结：
签注和通行证都是为了证明个人身份和合法出入的文件，但它们的主要区别在于使用场景和目的。通行证主要用于长期、重复性的出入，签注则用于短期、一次性的旅行或工作需求。通行证的有效期一般为五年，签注的有效期则有多种选择。办理条件、申请方式和适用范围也有所不同。