王懿荣发现甲骨文的故事是一段传奇经历。1898年，王懿荣因病求医时，派仆人到北京城外菜巿口的逵仁堂抓药。他的好友刘鹗在检查药包时发现一味叫“败龟版”的药上刻有隐隐约约的字，两人细看后认为这是十分珍贵的古代文字。于是，王懿荣把北京中药铺中的败龟版收购一空。经过仔细研究，王懿荣认定这些正是失传已久的甲骨文。
具体来说，1899年秋天，王懿荣因患疟疾，家人从菜市口的老字号中药店鹤年堂（一说达仁堂）按方抓药后，王懿荣亲自开包查验，发现药方里面有一味叫“龙骨”的药，上面有整齐而规律镌刻的痕迹。他凭借长期金石研究的直觉，意识到这些可能是远古留下来的一些文字。后来，他的朋友范维卿从河南安阳收购到一些与他上次买到的“龙骨”相同的龟甲。王懿荣便把这一批龙骨和上次药店买回来的龙骨进行仔细地拼辩，翻遍典籍，最终确定这些是古代人们留下的写在兽骨龟版上的文字，即甲骨文。
王懿荣不仅收购了大量的“龙骨”，还对其进行系统的整理和研究，从而揭示了甲骨文的部分奥秘。他的这一发现，不仅证实了商朝的存在，也为中华文明的早期历史研究提供了宝贵的实物证据。王懿荣因此被后人誉为“甲骨文之父”。
遗憾的是，1900年八国联军进攻北京，王懿荣受命任京师团练大臣，负责保卫京城。7月20日，侵略军攻入东便门，他率团练奋勇抵抗，寡不敌众，最终选择与家人一同投井殉国，享年55岁。