在三菱PLC编程软件中编写一个暂停运行程序的功能模块，可以采用以下步骤：
定义标记
定义一个标记，例如“Pause”，用于控制程序暂停和继续。这个标记可以是一个位元件，也可以是一个字元件，根据实际情况进行选择。
编写主程序
在主程序中编写判断“Pause”标记是否为真的条件语句。如果标记为真，则执行暂停操作，等待重新启动；如果标记为假，则正常运行程序。例如，在Ladder语言中可以使用LD指令读取标记状态，如果为真，则跳转到暂停程序；如果为假，则继续执行主程序。
编写暂停程序
在暂停程序中，可以使用NOP指令等待重新启动信号。
编写恢复程序
编写相应的暂停和恢复程序，使其可以控制“Pause”标记的状态。例如，在Ladder语言中可以使用SET指令将“Pause”标记置为真，从而触发暂停程序；同时，也可以使用CLR指令将标记置为假，从而恢复程序的正常运行。
使用特殊指令
可以使用“MCR”指令来暂停程序的执行，直到接收到相应的启动信号才会继续执行。这个指令通常用于需要手动干预或进行调试的情况。
仿真和测试
在三菱PLC编程软件中进行仿真运行，验证程序的正确性。可以通过模拟窗口的“寄电器内存监视”功能，选择软元件来监视程序的状态，并进行调试。
通过以上步骤，你可以编写出一个基本的暂停运行程序。根据具体的应用需求，你可能需要进一步调整和优化程序逻辑。