三轴编程铣孔手编步骤如下：
确定坐标系
确定机床上的坐标系，通常以机床上某个固定点为参考点，并确定X、Y、Z轴的正方向。这样可以保证编程时的坐标与机床实际位置相匹配。
设定初始位置
在编程之前，需要先将机床移动到初始位置。可以利用手动操作机床的操作面板或手轮将机床移动到所需位置。
设置运动模式
根据需要选择合适的运动模式，通常包括点位模式和直线插补模式。点位模式用于将机床从一个位置移动到另一个位置，而直线插补模式能够实现在两个位置之间进行直线插补运动。
编写程序
根据需要编写程序，可以通过手动输入指令或者使用机床控制系统提供的程序编辑功能。编程时需要指定轴的移动距离、移动速度等参数。同时也可以编写循环语句和条件语句实现复杂的运动。
调试程序
编写完程序后，需要进行调试以确保程序的正确性。可以逐行执行程序进行调试，同时观察机床的运动是否符合预期。
执行程序
调试通过后，可以执行程序让机床按照编写的程序进行运动。在执行过程中可以监控机床的运动状态，及时发现并处理异常情况。
编写结束
当程序执行完毕或达到预定的运动目标后，编写结束。可以将机床移动到安全位置，并保存编写好的程序以备下次使用。
示例程序
```gcode
； 定义孔的位置和深度
G90 M3 S1000
G54
G0 X0 Y0 Z0
G43 H1 Z100
； 定义孔的直径和深度
1 = 孔的直径
2 = 孔深
3 = 刀具直径
； 设置刀具速度、进给速度和转速
F200
； 铣孔指令
G81 X1 Y0 Z-2 R3
； 退刀
G0 X[1-3]/2-1
； 结束程序
M30
```
注意事项
在手动编程过程中，需要注意刀具的进退和精度的控制，以及程序的合理性和安全性。
建议在编写程序之前，仔细阅读机床说明书，并按照实际情况做好调整。
对于熟练掌握加工中心编程基本原理和操作技巧的专业人士来说，手动编程可以更快捷和高效。