在Mastercam中进行自动编程并设置加工公差，可以按照以下步骤操作：
打开Mastercam软件并加载模型
启动Mastercam软件，并打开需要编程的模型文件。
定义机床和控制器
在Mastercam的界面中，选择“转到机器定义”->“机床/控制器管理器”。
在“机床/控制器管理器”窗口中，选择需要修改公差的机床和控制器，右键单击并选择“编辑”。
设置切削模式公差
在“编辑机床/控制器”窗口中，选择“进一步设置”选项卡，然后选择“切削模式公差”。
在“切削模式公差”窗口中，可以设置不同类型的公差（例如线性公差或径向公差）和其具体数值。这些设置将直接影响Mastercam的编程、模拟和NC代码生成等操作。
保存更改
完成公差设置后，单击“确定”按钮保存更改并退出该窗口。
调整操作序列的公差
返回Mastercam主界面，并打开需要编程的模型文件。
在模型的左侧边栏中，展开“操作管理器”并选择所需的操作序列。
在操作的属性窗口中，可以看到“公差”选项，根据需要可以手动调整公差数值。
生成NC代码
最后，保存编程结果并生成NC代码，上传到数控机床中进行加工。
通过以上步骤，可以在Mastercam中完成自动编程并设置加工公差，从而确保加工过程的精度和效率。