修改exe文件的编程方法主要包括以下几种：
通过源码重新编译
如果你有exe文件的源代码，可以直接使用编译器（如GCC）进行编译，生成新的exe文件。
通过资源编译器修改部分资源
exe文件中包含的资源（如图标、菜单、对话框等）可以通过资源编辑器（如Resource Hacker、ExeEditor）进行修改。
通过十六进制编辑器直接改代码
使用十六进制编辑器（如Hex Fiend、HxD）可以直接修改exe文件的二进制代码。这种方法要求你对反汇编代码有一定的了解，通常用于破解或修改特定功能。
通过其他程序直接修改
有些程序（如病毒）可以通过直接修改exe文件的二进制代码来实现其目的。这种方法需要较高的技术水平和风险，可能会违反软件许可协议或法律规定。
使用集成开发环境（IDE）
许多编程语言提供了IDE，如C可以使用Visual Studio，Java可以使用Eclipse或IntelliJ IDEA等。这些IDE提供了编辑、调试和编译工具，使得开发exe文件变得更加方便。
使用特定的开发工具
有些编程语言还提供了专门的工具，用于将代码转换为可执行文件。例如，某些脚本语言可能提供工具将脚本直接编译为exe文件。
反编译和重新编译
使用反编译工具（如OllyDbg、IDA Pro）将exe文件反编译为汇编代码，修改后再重新编译为可执行文件。
调试器
通过调试器（如Debug、Windbg）查看和修改程序的运行状态，包括内存、寄存器等，从而实现对exe文件的修改。
建议
合法性：确保你有合法的权限和目的，避免违反软件许可协议或法律规定。
技术能力：修改exe文件需要一定的编程和计算机底层知识，建议先备份原始文件，以防修改后出现问题。
工具选择：根据你的需求和技能水平选择合适的工具和方法，如初学者可以从简单的资源修改开始，熟练后再尝试更复杂的代码修改。
通过上述方法，你可以实现对exe文件的重新编程和修改。